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如果您收到了关于违章的短信通知，并通过12123网站或APP进行了查询，起初能够查到相关记录，但后来消失了，可能有以下几种情况。
1、系统错误或更新：交通管理系统的数据库或服务器可能会进行更新或维护，这可能导致部分数据短暂地无法查询或显示，您可以尝试稍后再进行查询，看看是否恢复了记录。
2、误报或短信诈骗：请确认短信是否真正来自官方来源，有时，诈骗者可能会伪造类似的短信以获取个人信息，如果怀疑短信的真实性，建议通过其他官方渠道（如交警部门网站、电话等）核实信息。
3、数据同步问题：如果您刚刚查询过违章信息并且后来记录消失了，可能是由于数据同步的问题，可能是在查询后，相关记录被其他操作或更新所覆盖。
4、违章信息被处理：如果您已经处理了该违章，比如缴纳了罚款等，那么该条违章记录可能会被系统标记为已处理，因此不再显示。
如果您对违章情况存在疑虑，建议您直接联系当地交警部门或交通管理部门的客服中心，通过官方渠道核实情况，他们能够提供最准确和最新的信息，帮助您解决疑虑。